Cụ thể, tổng kinh phí thực hiện Chương trình MTQG y tế trong 3 năm 2011-2013 là 4.292 tỷ đồng, Chương trình MTQG Dân số-KHHGĐ đã bố trí 2.860 tỷ đồng (đạt 29%), Chương trình MTQG về HIV/AIDS 2.962 tỷ đồng, Chương trình Vệ sinh an toàn thực phẩm là 7.786 tỷ đồng.

Kết quả các chỉ tiêu chuyên môn chính đạt được tính đến năm 2013 của các chương trình gồm: Là 1 trong 9 nước (trong tổng số 74 nước) đã đạt Mục tiêu Phát triển Thiên niên kỷ; khống chế bệnh sốt rét và các dịch bệnh lây nguy hiểm; giảm tỷ lệ tử vong trẻ em. Đặc biệt, Việt Nam là 1 trong 3 nước có tốc độ giảm tử vong mẹ cao (giảm trên 75% trong giai đoạn 1990-2010).

Ngoài ra, các chương trình cũng góp phần nâng cao chất lượng và số lượng các cán bộ y tế cơ sở; giảm 50% số bệnh nhân hiện mắc lao so với ước tính năm 2000; tăng 5-10% tỷ lệ bệnh nhân ung thư được phát hiện sớm; xây dựng được 63 mô hình quản lý bệnh nhân tăng huyết áp tại tuyến cơ sở; trên 95% trẻ em dưới 1 tuổi được tiêm chủng đầy đủ 8 loại vaccine; quy mô dân số đạt 90 triệu người...

Về mặt hạn chế và thách thức của các chương trình MTQG, ông Nguyễn Quang Ân, Phó Vụ trưởng Vụ Kế hoạch-Tài chính (Bộ Y tế), cho biết một số chỉ tiêu, mục tiêu còn đạt thấp; nguồn lực bố trí chưa đủ; tính bền vững của chương trình là một thách thức rất lớn đối với Việt Nam. Bên cạnh đó, mô hình bệnh tật ngày càng thay đổi, nhu cầu người dân ngày càng tăng cả về số lượng và chất lượng dịch vụ y tế, ngân sách Nhà nước chi cho y tế còn chưa cao, chưa có đủ cơ sở y tế chuẩn, chính sách tiền lương, chế độ đãi ngộ đối với cán bộ y tế chưa phù hợp...

Cũng tại Hội thảo, PGS.TS Nguyễn Thị Xuyên, Thứ trưởng Bộ Y tế, cho biết: Thực hiện các chương trình MTQG là điều kiện để Việt Nam đạt được Mục tiêu Phát triển Thiên niên kỷ trong lĩnh vực y tế. Tuy nhiên, nếu trong thời gian tới, các chương trình này thiếu nguồn kinh phí hoặc không được đưa vào chương trình MTQG thì sẽ vô cùng khó khăn. Chúng ta sẽ khó giữ được các kết quả đã đạt được trong thời gian qua, đặc biệt các mục tiêu thiên niên kỷ sẽ rất khó đạt được, khi đó sẽ ảnh hưởng lớn đến tình hình phát triển kinh tế-xã hội của đất nước.

Chính vì vậy, Báo cáo các Chương trình MTQG Y tế của Bộ Y tế tại hội thảo đã đề xuất các chương trình MTQG giai đoạn 2016-2020 với hai phương án. Một là thông qua một chương trình MTQG Y tế (bao gồm các MTQG về y tế, dân số, HIV/AIDS, an toàn vệ sinh thực phẩm). Hai là thông qua 4 chương trình MTQG Y tế được sắp xếp theo thứ tự ưu tiên: Chương trình MTQG Y tế, Chương trình MTQG Dân số-KHHGĐ, Chương trình MTQG Vệ sinh an toàn thực phẩm, Chương trình MTQG Phòng chống HIV/AIDS.

Theo báo cáo của Ủy ban Tài chính của Quốc hội, năm 2014, chương trình MTQG được bố trí kinh phí ở mức khó khăn, cụ thể mức dự kiến như sau: Chương trình Y tế dự kiến bố trí 988 tỷ đồng; chương trình MTQG DS-KHHGĐ dự kiến bố trí 547 tỷ đồng; chương trình HIV/AIDS dự kiến bố trí 598 tỷ đồng.