Về giám sát, quản lý chất lượng của cơ quan nhà nước đối với công trình dự án, Điều 31 Nghị định số 108/2009/NĐ-CP đã quy định: Doanh nghiệp dự án tự quản lý, giám sát hoặc thuê tổ chức tư vấn độc lập để quản lý, giám sát thi công xây dựng, nghiệm thu các hạng mục và toàn bộ công trình theo thiết kế đã thỏa thuận phù hợp với quy định của pháp luật về xây dựng và thỏa thuận tại hợp đồng dự án. Cơ quan nhà nước có thẩm quyền chịu trách nhiệm giám sát, đánh giá việc tuân thủ các nghĩa vụ của nhà đầu tư và doanh nghiệp dự án trong việc thực hiện các yêu cầu về quy hoạch, mục tiêu, quy mô, tiêu chuẩn kỹ thuật, chất lượng công trình, tiến độ huy động vốn và thực hiện dự án theo thỏa thuận trong hợp đồng dự án. 

Điều 51 Thông tư số 03/2011/BKHĐT-TT hướng dẫn thực hiện một số quy định của Nghị định số 108/2009/NĐ-CP bổ sung nguyên tắc giám sát thi công xây dựng và nghiệm thu công trình đầu tư theo hình thức hợp đồng xây dựng - chuyển giao (BT) thực hiện theo thủ tục quy định đối với dự án sử dụng nguồn vốn nhà nước. 

Ngoài ra, đối với dự án đầu tư có công trình xây dựng, việc giám sát, quản lý chất lượng công trình còn được thực hiện theo quy định tại Thông tư số 10/2013/TT-BXD, trong đó quy định chi tiết về trách nhiệm giữa doanh nghiệp dự án và cơ quan nhà nước có thẩm quyền ký hợp đồng PPP. 

Trong thực tiễn triển khai dự án PPP, có ý kiến cho rằng việc quy định cơ chế giám sát nêu trên như theo thủ tục đối với dự án sử dụng nguồn vốn nhà nước là cứng nhắc, không phát huy sáng tạo của nhà đầu tư. Để khắc phục những hạn chế này, theo Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Nghị định PPP đã hoàn thiện và bổ sung các quy định về giám sát, quản lý chất lượng công trình theo hướng đề cao trách nhiệm của cơ quan nhà nước có thẩm quyền trong toàn bộ quá trình thực hiện dự án, bổ sung trách nhiệm của nhà đầu tư, doanh nghiệp dự án. Nếu như trong quy định cũ, việc giám sát thực hiện dự án chỉ thể hiện trong “giám sát, quản lý xây dựng công trình dự án” thì tại Nghị định PPP, việc giám sát được tách bạch rõ ràng thành 2 giai đoạn là “giám sát thực hiện hợp đồng dự án” của nhà đầu tư và “giám sát chất lượng công trình dự án” có chuyển giao cho Nhà nước sau khi hoàn thành. Việc phân chia này rõ ràng hơn về trách nhiệm, nghĩa vụ của cơ quan nhà nước có thẩm quyền trong việc giám sát thực hiện dự án.

Theo đó, cơ quan nhà nước có thẩm quyền, với vai trò là một bên trong hợp đồng dự án chỉ giám sát việc tuân thủ các nghĩa vụ của nhà đầu tư, doanh nghiệp dự án theo quy định tại hợp đồng dự án. Về phía nhà đầu tư, doanh nghiệp dự án sẽ chịu trách nhiệm về chất lượng công trình, dịch vụ của dự án. Trong trường hợp cần thiết, cơ quan nhà nước có thẩm quyền thuê tổ chức tư vấn có đủ năng lực để hỗ trợ thực hiện nhiệm vụ giám sát này. 

Đối với giám sát chất lượng công trình dự án, cơ quan nhà nước có thẩm quyền có trách nhiệm kiểm tra việc giám sát quá trình thi công xây dựng công trình theo yêu cầu tại hợp đồng dự án; kiểm tra việc tuân thủ các quy trình, tiêu chuẩn, quy chuẩn quản lý vận hành công trình theo hợp đồng dự án; tổ chức kiểm định chất lượng bộ phận công trình, hạng mục công trình và toàn bộ công trình xây dựng khi có nghi ngờ về chất lượng hoặc khi được cơ quan quản lý nhà nước yêu cầu; đề nghị nhà đầu tư yêu cầu nhà thầu điều chỉnh hoặc đình chỉ thi công khi xét thấy chất lượng công việc thực hiện không đảm bảo yêu cầu. 

Đối với dự án BT, cơ quan nhà nước có thẩm quyền phải tổ chức giám sát chất lượng công trình dự án. Việc giám sát chất lượng công trình dự án BT được thực hiện theo thủ tục quy định đối với dự án đầu tư công. 

Để tăng tính khả thi trong việc thực hiện cơ chế giám sát thực hiện hợp đồng dự án và giám sát chất lượng công trình cũng như đảm bảo công tác giám sát đáp ứng yêu cầu, Nghị định PPP đã quy định rõ về các chi phí này. Cụ thể, chi phí giám sát thực hiện hợp đồng dự án, chất lượng công trình thuộc chi phí chuẩn bị đầu tư và thực hiện dự án của cơ quan nhà nước có thẩm quyền. Đây là điều mà tại quy định cũ trong Nghị định số 108/2009/NĐ-CP và Quyết định số 71/2010/QĐ-TTg chưa được làm rõ. Các chi phí này được bố trí từ nhiều nguồn vốn mà cơ quan nhà nước có thẩm quyền có thể sử dụng, trong đó có cả nguồn do nhà đầu tư hoàn trả.

Những nội dung mới này của Nghị định PPP được kỳ vọng sẽ góp phần nâng cao trách nhiệm của cơ quan nhà nước có thẩm quyền, vừa thực hiện chức năng là một bên đối tác trong hợp đồng, vừa là cơ quan chức năng quản lý nhà nước đảm bảo công trình, dịch vụ được cung cấp đúng chất lượng tới người dân.