Theo quy định tại Điều 8 Nghị định số 108/2009/NĐ-CP, chi phí lập, công bố danh mục dự án, tổ chức lựa chọn nhà đầu tư và các chi phí khác liên quan đến việc thực hiện quyền hạn, trách nhiệm của cơ quan nhà nước có thẩm quyền được bố trí từ ngân sách nhà nước trên cơ sở dự toán được cấp có thẩm quyền phê duyệt. Chi phí lập, thẩm định báo cáo nghiên cứu khả thi của dự án hoặc đề xuất dự án, kể cả chi phí khác liên quan đến việc chuẩn bị dự án được bố trí từ ngân sách nhà nước và các nguồn thu khác (nếu có).

Theo quy định tại Điều 6 Quyết định số 71/2010/QĐ-TTg, chi phí chuẩn bị đầu tư bao gồm: chi phí lập và công bố danh mục dự án, lập báo cáo nghiên cứu khả thi, tổ chức lựa chọn nhà đầu tư và các chi phí khác liên quan đến việc thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan nhà nước có thẩm quyền và các cơ quan có liên quan. Chi phí chuẩn bị đầu tư được bố trí từ ngân sách nhà nước và các nguồn thu khác (nếu có). Nhà đầu tư được lựa chọn thực hiện dự án phải thanh toán cho Nhà nước chi phí lập báo cáo nghiên cứu khả thi nêu tại Khoản 1 Điều này. 

Mặc dù các văn bản nêu trên đã có quy định về chi phí chuẩn bị đầu tư và thực hiện dự án, nhưng trong thời gian qua, việc thực hiện các quy định nêu trên gặp một số vướng mắc. Đó là, chưa quy định cụ thể về phương thức quản lý, sử dụng nguồn vốn được bố trí từ ngân sách nhà nước để thực hiện các nội dung liên quan đến chuẩn bị đầu tư dự án, chưa quy định về các loại chi phí cụ thể và mức chi cụ thể mà cơ quan nhà nước có thẩm quyền được sử dụng để thực hiện việc tổ chức, giám sát, quản lý của cơ quan nhà nước với vai trò vừa là cơ quan nhà nước có thẩm quyền quản lý chuyên ngành, vừa là một bên thực hiện hợp đồng dự án. Bên cạnh đó, một số chi phí liên quan đến chuẩn bị đầu tư cũng chưa được hướng dẫn cụ thể như chi phí chi hoạt động của đơn vị quản lý dự án và chi phí thuê tư vấn trong trường hợp cần thiết…

Ngoài ra, nhiều ý kiến cho rằng, trên thực tế, nguồn kinh phí chi cho việc thực hiện nhiệm vụ của cơ quan nhà nước có thẩm quyền được bố trí từ nguồn chi thường xuyên hàng năm của các bộ, ngành và UBND cấp tỉnh không đáp ứng đủ nhu cầu về chi phí quản lý của các bộ, ngành và địa phương, do vậy, các bộ, ngành, địa phương không có kinh phí để thực hiện việc tổ chức, giám sát, quản lý với vai trò vừa là cơ quan nhà nước có thẩm quyền, vừa là một bên thực hiện hợp đồng dự án.

Để khắc phục những hạn chế này, Nghị định PPP xác định cụ thể các loại chi phí được thực hiện trong quá trình chuẩn bị đầu tư và thực hiện dự án nhằm nâng cao tính khả thi của việc thực hiện dự án. Điều 5 Nghị định PPP quy định rõ chi phí chuẩn bị đầu tư và thực hiện dự án của bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ hoặc UBND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương bao gồm: chi phí lập, thẩm định, phê duyệt đề xuất dự án, báo cáo nghiên cứu khả thi; chi phí tổ chức lựa chọn nhà đầu tư; chi phí hoạt động của đơn vị quản lý dự án thuộc cơ quan nhà nước có thẩm quyền, bao gồm chi phí giám sát thực hiện hợp đồng dự án, chất lượng công trình; chi phí công bố dự án; chi phí hoạt động của đơn vị đầu mối quản lý hoạt động PPP; chi phí thuê tư vấn hỗ trợ thực hiện một số hoạt động thuộc trách nhiệm của cơ quan nhà nước có thẩm quyền theo quy định tại Nghị định PPP; chi phí tổ chức hội nghị, hội thảo, đàm phán hợp đồng dự án và các hợp đồng có liên quan; chi phí khác. Ba khoản chi phí đầu được bố trí từ nguồn vốn ngân sách nhà nước theo cân đối trong kế hoạch chi đầu tư phát triển hàng năm của bộ, ngành, UBND cấp tỉnh; nguồn vốn hỗ trợ chuẩn bị đầu tư quy định tại Nghị định PPP; nguồn thu từ việc bán hồ sơ mời thầu lựa chọn nhà đầu tư; nguồn vốn do nhà đầu tư được lựa chọn thực hiện dự án hoàn trả; các nguồn vốn hợp pháp khác. Các chi phí còn lại được bố trí từ nguồn ngân sách nhà nước trong kế hoạch chi sự nghiệp của bộ, ngành, UBND cấp tỉnh.

Nghị định PPP quy định cơ chế huy động và quản lý nguồn hỗ trợ phát triển chính thức, vốn vay ưu đãi và các nguồn vốn hợp pháp khác theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ để hỗ trợ hoạt động lập, thẩm định, phê duyệt báo cáo nghiên cứu tiền khả thi, báo cáo nghiên cứu khả thi và tổ chức lựa chọn nhà đầu tư. Được biết, Bộ Kế hoạch và Đầu tư đã ký kết hiệp định vay vốn với Ngân hàng Phát triển châu Á và Cơ quan Phát triển Pháp trị giá 30 triệu USD để hỗ trợ cơ quan nhà nước có thẩm quyền (khu vực công) chuẩn bị, lập báo cáo nghiên cứu khả thi và tiền khả thi dự án PPP, lập hồ sơ mời thầu, xây dựng hợp đồng PPP, hỗ trợ tổ chức đấu thầu lựa chọn nhà đầu tư… 

Những quy định về chi phí chuẩn bị đầu tư tại Nghị định PPP, cùng với nguồn hỗ trợ đã kêu gọi được từ các nhà tài trợ, sẽ giúp xây dựng được công cụ để chuẩn bị đầu tư và thực hiện dự án PPP thông qua việc hỗ trợ tư vấn chuẩn bị các dự án PPP có chất lượng, phù hợp với thực tiễn, có tính bền vững về mặt kinh tế, tài chính, môi trường và xã hội. Các dự án được tiếp cận nguồn vốn hỗ trợ chuẩn bị dự án theo nguyên tắc rõ ràng, công khai, minh bạch, công bằng và thuận lợi. Cơ quan nhà nước có thẩm quyền có kinh phí để chuẩn bị các dự án PPP có chất lượng. Nguồn chi phí này giúp các cơ quan nhà nước có thẩm quyền thuê tư vấn kỹ thuật chuẩn bị dự án, tư vấn giao dịch để lựa chọn nhà đầu tư cho các dự án PPP.